Instituuti juhib kolmeliikmeline juhatus, kes kannab hoolt õppetöö korralduse, majandamise ning instituudi koolituste, kursuste ja loengute hea taseme eest.

Holistika Instituut areneb kiiresti ning juhatuse oluliseks ülesandeks on vaadata tulevikku ning välja töötada tegevussuundi ja arengukavasid.